新疆曲子的形成年代，无文字记载可考。据艺人传说，清咸丰七年（1857年）前后，陕西、甘肃、宁夏、青海等地曾向新疆移民，大批回族、汉族人民把眉户、道情等戏曲、曲艺形式带到新疆，后受当地各民族生活和艺术的影响，逐步形成具有自己特色的戏曲剧种。新疆曲子戏早期的活动，以业余性质自乐班（又名“座台子”）形式，在庙会或集市上演唱。20世纪30年代开始走上职业化道路，一些戏班开始以各种方式在地方演出，从而扩大了新疆曲子的影响。

　　在长期流传过程中，流入伊犁的一支，吸收锡伯族的音乐舞蹈，成为锡伯族的新疆曲子，开始以汉语演唱的先河。1944年，三区革命以后，产生了反映本民族生活的剧目，并采用锡伯族语言演唱。1958年，成立了昌吉回族自治州新疆曲子剧团，这是该剧种的第一个国营专业剧团，为了区别于其它省区的曲子剧种，正式定名为“新疆曲子剧”。新疆曲子剧音乐唱腔属于联曲体。其音乐渊源原有“平（青海平弦）、赋（西宁赋子）、越（陕西曲子）、鼓（兰州鼓子）”之说。随着时代的推移，文化的嬗变，“赋调”渐与“平调”合流，“鼓子调”大部分也都归入“越调”。除上述“四大调”外，民歌俗曲也占相当比例。新疆曲子剧也吸收各少数民族的音乐。早期新疆曲子剧的伴奏乐器中，弦乐主要用三弦、四胡、板胡。

　　建国后，在有关部门扶持下，这一剧种又有新的发展。1956年新疆自治区戏曲剧目工作会议的后，在调查和观摩，以及组织老艺人座谈等基础上，于1958年成立了昌吉回族自治州新疆曲子剧团，这是该剧种的第一个国营专业剧团，为了区别于其他省区的曲子剧种，正式定名为“新疆曲子剧”。该团招收学生，培养演员，并在挖掘、整理传统剧目的同时，于1959年初改编演出了《渔蚌缘》。中共十一届三中全会以来，新疆曲子再放光彩。1981年乌鲁木齐县文化馆创作和组织演出了《硬脖子县令》等剧目。昌吉回族自治州呼图壁新疆曲子剧团也于1982年创作演出了现代戏《田头风波》、《辣姐儿》、《心事》等，同时在音乐唱腔等方面均有所创新。